In de 13e eeuw werd het eiland eigendom van een Fries klooster, waardoor er dijken aangelegd werden om het te beschermen tegen de woeste Zuiderzee. Er werden ook terpen gebouwd, zodat de inwoners droge voeten konden houden. Vandaag de dag zijn een aantal van die terpen of ‘werven’, zoals de Markers ze noemen, nog steeds te zien.

Oorspronkelijk leefden de Markers van veeteelt, maar door de constante strijd tegen het water werd visserij de belangrijkste bron van inkomsten. In de loop van de 19e eeuw groeide de vloot van Marken uit tot een maximum van bijna 200 schepen. Door de eeuwen heen is het eiland vaak onder water gelopen, met zelfs doden tot gevolg. In 1916 braken de dijken bijvoorbeeld door en stierven er 16 Markers.

De overstromingen waren onder andere de reden voor de start van de Zuiderzeewerken: De inpoldering van de Wieringermeer, de Noordoostpolder, Flevoland en de aanleg van de Afsluitdijk. Er waren ook nog plannen om het Markermeer volledig in te polderen, maar hier is uiteindelijk niks van terecht gekomen.

Op 17 oktober 1957 was Marken officieel geen eiland meer. De Kruisbaakweg (N518) naar het vasteland werd voltooid, waardoor Marken voortaan een schiereiland zou zijn. In 1942 was men ook al begonnen met de Bukdijk richting Volendam, maar door de Duitse bezetting werden deze werkzaamheden gestaakt en zijn nooit meer verder opgepakt. Tegenwoordig is er op de Bukdijk een populair wandelpad te vinden.

Tegenwoordig wonen er nog zo’n 1700 mensen op Marken.

‍